Uma das preocupações da Fundação também foi a da importância e relevância da divulgação da ciência, das suas vitórias e do seu impacto junto dos cidadãos e da sociedade em geral, pois só assim seria possível desenvolver, progressivamente, uma cultura científica que, como nos países mais desenvolvidos, atravessasse todo o tecido social.
Respondendo a este forte anseio e em estreita colaboração com o Sindicato dos Jornalistas, foi lançado, no início de 2006, o Prémio Fundação Ilídio Pinho “Jornalismo Científico”, num evento que contou com a presença do Primeiro-Ministro José Sócrates, o Ministro dos Assuntos Parlamentares Augusto Santos Silva, o Presidente da Câmara do Porto Rui Rio, Mário Soares e outros membros do Conselho Superior da Fundação.
A sessão de lançamento ofereceu a oportunidade para trazer para a discussão pública “O papel dos Jornalistas na difusão da Cultura Científica e Tecnológica”, num seminário no qual foram intervenientes o cientista Manuel Sobrinho Simões, o economista António Borges e os jornalistas Helena Mendonça e António Granado.
No júri da avaliação dos trabalhos apresentados em fase candidatura, presidido por Júlio Pedrosa, pontuavam nomes como António Borges, em representação da Fundação, Alexandre Quintanilha, pelo Conselho dos Laboratórios Associados, José António França, pelo Sindicato dos Jornalistas, e Fernando Cascais, pelo Centro de Formação Profissional para Jornalistas. O Prémio instituído para o melhor trabalho anual de Imprensa, Rádio ou Televisão, foi de 50 mil euros, acrescendo ainda duas menções honrosas, no valor de cinco mil euros cada.
Foram premiados nos dois primeiros anos (2006 e 2007), respetivamente, José Milheiro e Carlos Vaz Marques da TSF, tendo sido distinguidos com menções honrosas Cármen Inácio (RTP2) e Teresa Florença (Diário de Notícias do Funchal) em 2006 e Helena Mendonça (Notícias Magazine do DN e JN) e Teresa Firmino (Público) em 2007. Os temas dos trabalhos distinguidos iam desde a nova geração de cientistas em Portugal até à plataforma continental portuguesa, passando pelos nano-materiais e pelas neurociências.